6대 목표 중 ‘온실가스 감축’을 제외한 나머지 환경목표에 대하여 공통 배제기준을 충족하는지 확인하여야 한다. 배제기준 충족 여부는 <한국형 녹색분류체계 가이드라인> [붙임 2~6] 및 <한국형 녹색분류체계 적합성판단 참고서> ‘3장. 배제기준’을 활용하여 판단할 수 있다.

농약허용기준강화제도란 국내 사용등록 또는 잔류허용기준이 설정된 농약 외에는 작물에 잔류 허용 일률기준(0.01ppm)을 적용하도록 하는 제도다. 농업인 등 농산물 생산자는 「농약관리법 시행령」제19조(농약 등의 안전사용기준) 에 따른 농약안전사용기준과 「농수산물 품질관리법」 제61조(안전성조사) 에 따른 농약잔류허용기준을 준수하여야 한다. 「농수산물품질관리법」에 따른 생산·유통 단계 농산물 안전성 조사 결과, 농약 잔류허용기준을 초과한 경우 농산물 생산자는 해당 농산물에 대하여 폐기·출하 연기 등의 조치를 취하여야 한다.

「농업농촌 공익기능 증진 직접지불제도 운영에 관한 법률 시행령」 제13조(농약 및 화학비료의 사용기준) 에 따라 농림축산식품부령으로 정하는 농경지 토양화학성분 기준 및 비료량 기준을 준수하여야 하며, 농경지 토양화학성분은 농경지의 유기·무기물질 및 화학성분에 관하여 농촌진흥청장이 정하여 고시하는 기준 범위 내에 있어야 한다.

「비료관리법」 제19조의2(비료 관리 및 신고의무) 에 따라 비료생산업자·비료수입업자·비료사용자는 같은 법 시행규칙 제16조의2(비료의 유통 및 보관 등에 관한 관리기준) 에 따라 비료의 유통 및 보관 등에 관한 관리기준을 준수하여야 한다. 또한, 비료의 유출·방치·매립 등으로 인한 악취 및 토양오염, 지하수오염, 수질오염 등 환경오염 행위를 하여서는 안 된다.

가축분뇨로 만든 퇴비나 액비를 농경지에 살포하는 경우에는 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 시행령」 제12조의2(퇴비액비화기준) 에 따른 퇴비액비화기준을 준수하는 사용 계획을 가지고 있고, 이에 따라 퇴비와 액비를 살포하여야 한다.

농약이나 가축분뇨, 액비 등이 하천 등 공공수역에 유기, 유출, 방치되지 않도록 「농약등의 안전사용기준」(농촌진흥청 고시) 제3조(농약등의 안전사용기준의 세부기준) 에 따른 사항들을 준수하여야 한다. 또한 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제10조(가축분뇨 및 퇴비액비의 처리의무) 및 제17조(배출시설 및 처리시설의 관리) 에 따라 가축분뇨, 액비 등의 관리계획을 세우고 보관하여야 한다.